色谱流动相需要过滤。
过滤流动相的原因主要是为了除去流动相中的固体微粒，这些微粒可能会磨损柱塞、密封环、缸体和单向阀等。
一般来说，所有经过色谱柱的流动相均应过滤。但在实际操作中，过滤与否还与流动相的组成有关。当流动相中含有缓冲盐时，过滤是必要的，以防缓冲盐放置一段时间后，在使用前还需重新过滤。另外，当流动相由水或缓冲溶液与有机溶剂混合而成，且能确保水和有机溶剂的质量且没有受到污染时，过滤并无更多实际意义。
除了流动相，所配制的样品试液在注入流路系统前也都需要经0.45μm（0.22μm则更好）孔径滤膜过滤，以避免滤膜溶解而造成污染。装流动相的容器和色谱系统中的在线滤器要定期清洗和更换，以避免滤器因过载而起不到过滤作用。在进样前应尽可能对样品进行分离提纯以除去多余杂质组分。
